小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回のインボイス特例は、要件を満たす事業者の補助上限額に50万円を上乗せする仕組みです。条件は、補助事業の終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受けていて、かつ「過去に免税事業者だった」または「2023年10月1日以降に創業した」のどちらかに当てはまることです。この記事では、対象になる条件、満たせなかったときの扱い、申請時の入力と提出書類を、公募要領に沿って整理します。
この記事の結論（要点）
- インボイス特例は、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回で補助上限に50万円を上乗せする特例です。
- 対象は、補助事業の終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受け、かつ「2021年9月30日〜2023年9月30日の属する課税期間で一度でも免税事業者」または「2023年10月1日以降に創業」の事業者です。
- 要件を1つでも満たさないと、上乗せ部分だけでなく補助金全体が交付されません。
- 過去に通常枠でインボイス特例を活用した事業者や、一般型でインボイス枠で採択を受けて実施した事業者は、本特例の申請対象外です。
- 申請時は「インボイス特例の希望」へのチェック、課税売上高3期分の入力、様式9へのチェックが必要です。
条件は、補助事業が終わる時にインボイスの登録を済ませていて、昔は免税だったか、2023年10月以降に始めた事業であることです。
条件がひとつでも足りないと、ふえる分だけでなく、補助金ぜんぶがもらえなくなります。
申請の時は、画面でチェックを入れ、売上を入力し、登録の書類を添えます。
ご注意：この記事は、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第20回公募 公募要領をもとにした概要です。公募要領は改訂されることがあります。申請の前に、必ず最新の公募要領でご確認ください。
✔ 迷ったら、先に相談を。要件や経費の確認は、無料相談フォームまたはLINEから受け付けています。
インボイス特例とは何ですか？上乗せ額はいくらですか？
インボイス特例とは、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回で、要件を満たす事業者の補助上限額に50万円を上乗せする特例のことです。
公募要領では、免税事業者が適格請求書発行事業者へ転換することに伴う事業環境の変化に対応するための政策支援、と位置づけられています。基本の補助上限は50万円で、補助率は2／3です。インボイス特例は、この上限に上乗せされる仕組みです。
次の数字カードは、インボイス特例に関わる主な金額と締切を示したものです。
特例ごとの上乗せ額と、通常枠の50万円に加えた補助上限（合計）は、次の表のとおりです。最大は、両特例を使う場合の250万円です。
| 特例 | 上乗せ額 | 補助上限（合計） | 公募要領で要件を説明している箇所 |
|---|---|---|---|
| 通常枠（特例なし） | ― | 50万円 | ― |
| インボイス特例だけ | 50万円 | 100万円 | P.8 |
| 賃金引上げ特例だけ | 150万円 | 200万円 | P.9 |
| 両特例の要件をともに満たす場合 | 200万円 | 250万円（最大） | P.11 |
なお、いずれの上乗せも、要件を満たしている場合に限られます。また、補助事業の終了時点で一定の要件を満たす必要があり、満たさない場合は補助金が交付されません。
どんな事業者がインボイス特例の対象になりますか？
対象になるのは、補助事業の終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受けていて、かつ次の①②のいずれかに当てはまる事業者です。
- ① 2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間で、一度でも免税事業者だった事業者
- ② 2023年10月1日以降に創業した事業者
ポイントは、「登録を受けていること」が必須で、①②は「どちらか1つ」でよい点です。もちろん、小規模事業者であることなど、通常枠そのものの要件も満たす必要があります。
条件を整理すると、次の表のようになります。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 必須の条件 | 補助事業の終了時点で「適格請求書発行事業者」の登録を受けている |
| 条件①（どちらか） | 2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間で一度でも免税事業者だった |
| 条件②（どちらか） | 2023年10月1日以降に創業した |
| 対象外になる人 | 通常枠で「インボイス特例」を活用して補助事業を実施した事業者 |
| 対象外になる人 | 一般型で「インボイス枠」（インボイス特例を含む）で採択を受けて補助事業を実施した事業者 |
やってはいけない例
- 登録を受けないまま補助事業を終える（補助事業の終了時点で要件を満たさないと、補助金は交付されません）。
- 過去に通常枠でインボイス特例を使ったことを確認せずに希望する（本特例の申請対象外です）。
- 免税事業者だったかどうかを確かめないまま、思い込みでチェックを入れる（課税売上高の入力もあるため、事前の確認が必要です）。
「課税期間」の見方など、判断に迷う点は、商工会・商工会議所に事前に相談してください。事業支援計画書（様式4）の発行を受ける際にも、特例の要件を満たしているかを確認されます。
✔ 迷ったら、先に相談を。要件や経費の確認は、無料相談フォームまたはLINEから受け付けています。
要件を満たせないと、補助金全体がもらえなくなりますか？
はい。インボイス特例を希望した場合、通常枠またはインボイス特例の要件を1つでも満たさないと、上乗せ部分だけでなく補助金全体が交付対象外になります。
公募要領の注意書きに、「特例による上乗せ部分のみではなく全体が交付対象外となります」と明記されています。また、実績報告時に要件を満たしていると認められない場合は、交付決定通知書の金額より少なくなる場合（交付決定を取り消す場合も含む）があります。
よくある疑問を、経営者と担当者の会話で確認します。
経営者インボイス特例を希望して、登録が間に合わなかったら、上乗せの50万円だけがなくなるんですよね？
担当者いいえ。公募要領では、要件を1つでも満たさないと、上乗せ部分だけでなく補助金全体が交付対象外になるとされています。
経営者登録がまだでも、申請そのものはできますか？
担当者登録申請がまだの事業者や、郵送（紙）で登録申請手続中の事業者は、申請時の書類提出は不要とされています。ただし、補助事業の終了時点で登録を受けている必要があります。
経営者登録通知書は、いつ出せばいいですか？
担当者申請時に提出していなければ、実績報告時に適格請求書発行事業者の登録通知書の写しを提出します。
特例の上乗せ額が魅力でも、登録が確実に間に合うかを先に見通しておくことが大切です。登録の手続は、国税庁のホームページで案内されています。
申請時には何を入力・提出すればよいですか？
申請時は、電子申請システムで「インボイス特例の希望」にチェックし、課税売上高3期分を入力して、宣誓・同意書（様式9）にチェックします。
手順は次のとおりです。
- ＧビズＩＤプライムのアカウントを取得します（取得には数週間程度かかります。未取得の方は早めに）。
- 電子申請システムの申請情報入力画面で、「インボイス特例の希望」にチェックします。
- 応募者概要入力（様式2）画面に、2019年9月30日・2020年9月30日・2021年9月30日の各日が属する事業年度の課税売上高を入力します。
- 宣誓・同意画面に表示される「インボイス特例の申請に係る宣誓・同意書」（様式9）を確認し、該当箇所にチェックします。
- 登録状況に応じて、必要な書類を添付します（下の表を参照）。
- 地域の商工会・商工会議所から事業支援計画書（様式4）の発行を受けます（発行依頼の受付締切は2026年12月4日）。
- 申請受付締切の2026年12月15日 17:00までに申請します。
次の流れ図は、申請から実績報告までの、インボイス特例に関わる主な動きを示したものです。
登録状況ごとの提出書類は、次の表のとおりです。
| 登録状況 | 申請時に提出する書類 | 実績報告時 |
|---|---|---|
| 登録済み | 適格請求書発行事業者の登録通知書の写し | 申請時に提出済みなら追加不要 |
| 電子申告（e-Tax）で登録申請手続中 | 登録申請データの「受信通知」画面の写し | 申請時に登録通知書の写しを出していなければ、登録通知書の写しを提出 |
| 郵送（紙）で登録申請手続中 | 提出不要 | 登録通知書の写しを提出 |
| 登録申請がまだ | 提出不要 | 登録通知書の写しを提出 |
添付するときのファイル名は、「インボイス登録通知書（事業者名）」「インボイス受信通知（事業者名）」とされています。
公募要領には記載がありませんが、実務では、事業支援計画書の発行にあたり、窓口から事前の相談や面談を求められることが多くあります。対応は地域によって異なるため、早めに地域の窓口へ連絡して確認してください。
賃金引上げ特例と一緒に使うときは何に注意しますか？
両方の特例を使う場合は、インボイス特例と賃金引上げ特例の両方の要件（追加要件を含む）を満たし、必要な手続きもすべて行う必要があります。
両特例の要件をともに満たした場合の上乗せ額は、200万円です。通常枠の50万円と合わせた補助上限は、合計で最大250万円です。ただし、通常枠・インボイス特例・賃金引上げ特例の要件を1つでも満たさない場合は、補助金全体が交付対象外になります。
賃金引上げ特例では、2027年4月1日から補助事業実施期限日（2028年3月31日）までの期間で、従業員1人あたりの給与支給総額を年平均3.0％以上増やすことなどが求められます。詳しい条件は、別の記事や公募要領でご確認ください。
また、賃金引上げ特例のうち赤字事業者は、補助率が2／3から3／4になります（インボイス特例による上乗せ部分も含みます）。
特例を選ぶときは、「上乗せ額」だけでなく、補助事業の終了時点まで要件を守り切れるかで判断してください。株式会社Saludでは、要件の確認や整理のお手伝いをしています。事業計画書そのものは、申請者ご自身で作成していただく必要があります。
この記事の要点を、数字と条件で一覧にすると？
インボイス特例は、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回で補助上限に50万円を上乗せする特例です。
| 要点1 | インボイス特例は、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回で補助上限に50万円を上乗せする特例です。 |
|---|---|
| 要点2 | 対象は、補助事業の終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受け、かつ「2021年9月30日〜2023年9月30日の属する課税期間で一度でも免税事業者」または「2023年10月1日以降に創業」の事業者です。 |
| 要点3 | 要件を1つでも満たさないと、上乗せ部分だけでなく補助金全体が交付されません。 |
| 要点4 | 過去に通常枠でインボイス特例を活用した事業者や、一般型でインボイス枠で採択を受けて実施した事業者は、本特例の申請対象外です。 |
| 要点5 | 申請時は「インボイス特例の希望」へのチェック、課税売上高3期分の入力、様式9へのチェックが必要です。 |
よくある質問（Q&A）
Q. インボイス特例を使うと、補助上限はいくら上乗せされますか？
A. 50万円が上乗せされます。ただし、インボイス特例の要件を満たしている場合に限ります。賃金引上げ特例の要件もともに満たす場合の上乗せ額は200万円で、通常枠の50万円と合わせた補助上限は合計250万円です。
Q. 2023年10月1日以降に創業した事業者も対象ですか？
A. 条件②に当てはまり、補助事業の終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受けていれば対象となり得ます。なお、申請時点で開業していない創業予定者は、そもそも補助対象者になりません。
Q. 過去の持続化補助金でインボイス特例を使いました。もう一度使えますか？
A. 使えません。通常枠で「インボイス特例」を活用して補助事業を実施した事業者、または一般型で「インボイス枠」（インボイス特例を含む）で採択を受けて実施した事業者は、本特例の申請対象外です。
Q. 登録申請がまだですが、インボイス特例を希望できますか？
A. 登録申請がまだの事業者は、申請時の書類提出は不要とされています。ただし、補助事業の終了時点で登録を受けている必要があります。間に合うか不安な場合は、商工会・商工会議所や事務局へ確認してください。
Q. インボイス制度対応のために専門家へ相談した費用は対象になりますか？
A. 公募要領の委託・外注費の「対象となる経費例」に、インボイス制度対応のための取引先の維持・拡大に向けた専門家（税理士、公認会計士、中小企業診断士等）への相談費用が挙げられています。実績報告では、相談内容の実施報告書など成果物が分かる資料の提出が必要です。
まとめ
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出典と最終確認日
- 出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第20回公募 公募要領（公式情報）
- 最終確認日：2026年10月8日
- 執筆：株式会社Salud（補助金の申請支援・Web制作）